Молекулярный докинг

Молекулярный докинг (англ. Docking) - это метод компьютерного моделирования межмолекулярных взаимодействий. Целью данного метода является получение оптимальных пространственных структур комплексов. Их анализ позволяет определить движущие силы, способствующие связыванию и наиболее комплементарные друг другу участки молекул. В результате появляется возможность целенаправленного воздействия на характеристики связывания путем модификации одной или нескольких взаимодействующих молекул. Основным результатом докинга является взаимная пространственная ориентация лиганда и белка-мишени. Оптимальность ориентации оценивается специальной оценочной функцией, которая коррелирует с экспериментальной свободной энергией связывания лиганда (основана на поверхностной комплементарности, электростатических взаимодействиях, Ван-дер-Ваальсовском отталкивании и т.д.). Знания о предсказанной ориентации могут быть использованы для предсказания прочности комплекса или сродства связей между двумя молекулами с помощью использования отдельных вычислений. Стыковка часто используется для предсказания аффинности и активности небольшой молекулы лекарства по отношению к белку-мишени. Таким образом, стыковка молекул играет важную роль в дизайне лекарственных препаратов.

Белок-белковый докинг

Тезаурус

Молекулярный докинг (Docking)

Тематический раздел (поле): Наноинженерия, Нанобиотехнология, Биомедицинская инженерия, Метрология и стандартизация

Функциональный разряд: Действие (операция)

Аскрипторы: Молекулярная стыковка, метод компьютерного моделирования, слепой докинг, прямой докинг

Отношения иерархические (род-вид): Молекулярный докинг → Методы диагностики наноструктур и наноматериалов, Методы формирования наноматериалов → Получение, диагностика и сертификация наноразмерных систем

Отношения ассоциативные: Молекулярный докинг ~ Молекулярный гидрофобный потенциал, Конформационная подвижность, Лиганд-специфичные критерии, Компьютерное молекулярное моделирование, Ориентация молекул, Структура комплекса белок-лиганд

Литература по теме

1. Косинский Ю.А., Пырков Т.В., Луценко С.В., Ефремов Р.Г. Предсказание структуры комплексов белок-лиганд: от компьютерной модели к биологической функции.// Российский Химический Журнал, (2006) т. L(2), 36-44.
2. Betts M. J., Sternberg M. J. An analysis of conformational changes on protein-protein association: Implication for predictive docking. Protein Eng. (1999) 12, 271-283.
3. Kitchen D. B., Decornez H., Furr, J. R., Bajorath, J. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. Nat Rev Drug Discov (2004) 3, 935-949.
4. Totrov M, Abagyan R (April 2008). "Flexible ligand docking to multiple receptor conformations: a practical alternative". Curr. Opin. Struct. Biol. 18 (2): 178–84.
5. Alonso H., Bliznyuk A.A., Gready J.E. Combining docking and molecular dynamic simulations in drug design. Med Res Rev (2006) 26, 531-568.
6. Hartmann C, Antes I, Lengauer T (February 2009). "Docking and scoring with alternative side-chain conformations". Proteins 74 (3): 712–26.
7. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The protein data bank. Nucleic Acid Res (2000) 28, 235-242.
8. Статья Docking (molecular)из Wikipedia, свободной энциклопедии. Доступно под лицензией Creative Commons Attribution-Share Alike
9. Статья Молекулярная стыковка из Wikipedia, свободной энциклопедии. Доступно под лицензией Creative Commons Attribution-Share Alike