Транскриптом

Транскриптом (англ. Transcriptome) - совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК, тРНК, рРНК и некодирующие РНК. Под транскриптомом понимается полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определенного типа. Транскриптом может сильно изменяться в зависимости от условий среды, в отличие от генома, который, как правило, одинаков для всех клеток одной линии. Ввиду того, что понятие транскриптом включает в себя все транскрипты данной клетки, он также отражает профиль экспрессии генов в данный момент времени. Наиболее распространенный метод изучения транскриптома - использование биочипов (DNA microarray). Этот метод максимально эффективен и дает наибольший объем полезной информации при исследовании уровня экспрессии генов в организмах с полностью установленной последовательностью генома (хотя его можно использовать и в случае лишь частично известного генома). Изучение транскриптома позволяет узнать много нового даже о хорошо известных регуляторных механизмах клетки – вместе с ожидаемым изменением экспрессии одних генов могут одновременно также меняться и доли мРНК некоторых других, зачастую ранее неизвестных генов.

Сравнительный анализ транскриптомов бактерий

Тезаурус

Транскриптом (Transcriptome)

Тематический раздел (поле): Нанобиотехнологии, Наноинженерия, Наномедицина

Функциональный разряд: Объект

Аскрипторы: Транскрипт, геном, протеом, метаболом

Отношения иерархические (род-вид): Транскриптом → Нанобиотехнологии → Нанотехнологии и наноматериалы

Отношения ассоциативные: Транскриптом ~ РНК-полимераза, Изоформы транскриптов, Малые интерферирующие РНК, Эндогенные продукты генома, ДНК-биочип, MPSS-анализ, Биоинформатика, Биоинженерия, Транскриптомика

Литература по теме

1. Kapranov, P., Cawley, S. E., Drenkow, J., Bekiranov, S, Strausberg, R. L., Fodor, S.P.A. and Gingeras, T.R. (2002). Large-Scale Transcriptional Activity in Chromosomes 21 and 22. Science 296: 916-919.
2. Cheng, J., Kapranov, P., Drenkow, J., Dike, S., Brubaker, S., Patel, S., Long, J., Stern, D., Tammana, H., Helt, G., Sementchenko, V., Piccolboni, A., Bekiranov, S., Bailey, D.K., Ganesh, M., Ghosh, S., Bell, I., Gerhard, D.S., Gingeras, T.R. (2005) Transcriptional Maps of 10 Human Chromosomes at 5-Nucleotide Resolution. Science: Volume 308: 1149-1154.
3. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. (2009). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Rev. Genetics 10(1): 57-63.
4. Schumacher, A., Kapranov, P, Kaminsky, Z., Flanagan, J., Assadzadeh, A., Yau, P., Virtanen, C., Winegarden, N., J., Chen, J., Gingeras, T. and A. Petronis (2006) Microarray-based DNA methylation profiling: technology and applications. Nucleic Acid Res. 34:528-542.
5. Patino WD, Mian OY, Kang JG, Matoba S, Bartlett LD, Holbrook B, Trout HH, Kozloff L, Hwang PM. Circulating transcriptome reveals markers of atherosclerosis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(9):3423-3488.
6. Tsiridis E, Giannoudis PV. Transcriptomics and proteomics: advancing the understanding of genetic basis of fracture healing. Injury. 2006; 37 Suppl 1:S13-9.
7. Статья Тranscriptome из Wikipedia, свободной энциклопедии. Доступно под лицензией Creative Commons Attribution-Share Alike